آزمون مرحله­ی دوم المپیادهای علمی کشور هر ساله در فصل بهار و معمولا اوایل اردیبهشت ماه برگزار می­شود. (زمان دقیق برگزاری آن متعاقبا از سوی باشگاه دانش­پژوهان جوان اعلام می­گردد). حدود ۱۰۰۰ نفر از دانش­آموزانی که بالاترین نمرات را در آزمون مرحله­ی اول کسب نموده­­اند بدان راه خواهند یافت. این آزمون هر ساله در دو روز برگزار می­گردد، اما تفاوت برگزاری آن با سال­های قبل از ۱۳۸۸ آن است که از این پس روز نخست این آزمون شامل حدود ۳۰ سوال تستی چندگزینه­ای خواهد بود و روز دوم آن شامل حدود ۶ سوال تشریحی می­باشد.

نوع سوالات آزمون تستی روز اول عمدتا از مباحث ریاضیات گسسته و ترکیبیاتی و خلاقیت ریاضی خواهد بود اما از آزمون مرحله­ی اول عمیق­تر و قدری سخت­تر می­­باشد. سوال­های آزمون تشریحی روز دوم نیز مشابه سوال­های آزمون­های تشریحی مرحله دوم سال­های گذشته خواهد بود و مواردی مانند ریاضیات گسسته و ترکیبیاتی، خلاقیت ریاضی، مباحث مقدماتی نظریه­ی گراف­ها، روش­های حل مساله همچون استقرا، دوگونه شمردن، لانه کبوتری، و … را در بر خواهد داشت (منابع مفید برای مطالعه و آمادگی آزمون­های المپیاد کامپیوتر به طور جداگانه در وب­گاه رسمی این المپیاد اعلام می­گردد). تفاوت نوع سوالات آزمون تشریحی روز دوم با آزمون­های مرحله­ی دوم سال­های قبل از ۱۳۸۸ در آن است که به طور تدریجی مباحث الگوریتمی و برنامه­نویسی در آن پررنگ­تر خواهند شد.

لازم به ذکر است برگه­های آزمون تشریحی روز دوم تنها ۲۰۰ نفر از دانش­آموزان تصحیح خواهد شد که در آزمون تستی روز نخست، نمره­ی بالاتری کسب کرده باشند. بدین ترتیب اگر یک دانش­آموز به همه­ی سوال­های آزمون تشریحی پاسخ درست داده باشد اما در آزمون تستی روز اول جزو ۲۰۰ نفر اول نباشد شانسی برای قبولی در مرحله­ی دوم نخواهد داشت. برگزیدگان این دوره به آزمون مقدماتی برنامه­نویسی (بخش چهارم) یا دوره­ی مقدماتی برنامه­نویسی (بخش ششم) راه می­یابند.